顧問料は税理士自身が設定するのですか？　また、値切ることはできるのでしょうか？

そうですね。
実は、平成１４年までは顧問料などの税理士報酬について
税理士法で設定がありました。
現在は撤廃され、税理士自身が顧問料を設定しています。

税理士によりますが、値引きをしてくれる税理士もいますね。