税務署や金融機関に対して、相手の言いなりで何も発言してくれません。これは問題ありですか？

状況次第ですが、経営者にとっては問題ですよね。

どのような対応をしてほしいか税理士に伝えた方がいいと思います。

同様な事態が続くのであれば、経営者様としても不満が溜まる一方かと思いますので、
お考えを伝えて、税理士に対応を求めるべきですね。